etology

Информация о пользователе

Привет, Гость! Войдите или зарегистрируйтесь.


Вы здесь » etology » Новости науки » Как это работает (управление считыванием генов с ДНК)


Как это работает (управление считыванием генов с ДНК)

Сообщений 1 страница 7 из 7

1

Как бактерии питаются молоком

Для неё, так же, как и для всех живых существ в мире, глюкоза – самая лучшая еда. Если глюкоза есть, то всё в порядке, в этом случае ни на какие другие источники энергии можно вообще не обращать внимания. А вот если глюкозы нет, то приходится думать, чем бы её заменить или из чего добыть. И если в окружающей среде есть молочный сахар, лактоза, то это неплохой вариант: бактерия E. coli вполне способна расщепить его на два более простых вещества – глюкозу и галактозу. Для того чтобы переваривать молочный сахар, бактерия использует специальный фермент – β-галактозидазу. Этот фермент вырабатывается только тогда, когда, во-первых, в окружающей среде есть лактоза и во-вторых, отсутствует глюкоза, и, значит, её нужно добывать из других веществ.

Синтез любого белка, в том числе и β-галактозидазы, начинается с транскрипции – прочтения соответствующего гена. РНК-полимераза, фермент, который читает нуклеотидную последовательность ДНК, должна присоединиться к промотору – участку, с которого начинается считывание гена (или группы генов).

В ситуации когда молочного сахара нет вообще, не производится и нужный для его переваривания фермент, β-галактозидаза. Такая экономия ресурсов достигается благодаря тому, что с промотором гена β-галактозидазы связан белок-репрессор, который физически не позволяет РНК-полимеразе связаться с ДНК и начать транскрипцию.

http://www.nanonewsnet.ru/files/users/u2999/2011/ris1_600.jpg
Рис.  Репрессор не позволяет РНК-полимеразе связаться с промотором, и поэтому β-галактозидаза не синтезируется.

Когда в клетке появляется лактоза, она сама же и снимает запрет на производство фермента, нужного для её расщепления. Молекула лактозы связывается с белком-репрессором, в результате чего он меняет конформацию и отсоединяется от ДНК.

Теперь нужный фермент производится, но в очень незначительном количестве. Дело в том, что промоторы бывают разные: к некоторым РНК-полимераза присоединяется охотно, а к некоторым – не очень. Промотор гена β-галактозидазы слабый: он мало «привлекает» РНК-полимеразу, и нужна дополнительная «приманка».

Приманка начинает работать в том случае, если в клетке очень мало глюкозы. Значит, хочешь не хочешь, а использовать альтернативные источники пищи необходимо.

Отсутствие глюкозы – это настоящий голод, а в случае голода клетка вырабатывает молекулы-алармоны (от англ. alarm – тревога), которые служат сигналом для перестройки всей её жизнедеятельности.

В роли одного из таких посредников выступает циклический аденозинмонофосфат, цАМФ. Молекула этого вещества взаимодействует с белком, активирующим катаболизм, – CAP (catabolism activating protein), а образовавшийся комплекс связывается с промотором гена β-галактозидазы. CAP притягивает РНК-полимеразу к промотору и увеличивает вероятность того, что ген β-галактозидазы будет прочитан.

Эти два события – блокировка репрессора и активация CAP – приводят к активному производству β-галактозидазы. Клетка теперь может использовать молочный сахар в качестве пищи, что позволяет ей выйти из состояния голода и продолжить рост.

http://www.nanonewsnet.ru/files/users/u2999/2011/ris2_600.jpg
Рис. Присутствие белка CAP повышает вероятность того, что РНК-полимераза свяжется с промотором и ген начнёт считываться.

«Изучение этой системы внесло исключительно большой вклад в понимание общих принципов работы генов», – поясняет Северинов. Регуляцию лактозного оперона описали французские учёные Жак Моно (Jacques Monod) и Франсуа Жакоб (Francois Jacob), получившие впоследствии вместе с Андре Львовым (Andre Lwoff) Нобелевскую премию «за открытия, касающиеся генетического контроля синтеза ферментов и вирусов».

Лактозный оперон вошёл во все учебники, потому что он иллюстрирует базовые принципы регуляции экспрессии генов, задействованные как в ингибировании, так и в активации транскрипции. Используя эти принципы, природа составляет сколь угодно сложные генетические переключатели, которые реагируют на изменение условий внешней среды.

http://www.nanonewsnet.ru/articles/2011 … -resheniya

0

2

Как вирусы решают проблему планирования семьи

Бактериофаги – это вирусы, поражающие бактерий. Их типичный жизненный путь выглядит так: *впрыснуть свою ДНК в бактерию – использовать её ферменты для синтеза своих белков и новых копий своей ДНК – собрать новые вирусные частицы – уничтожить бактерию и отправиться к новым победам. Такой цикл называется **литическим (от греч. Λυσις – растворение).

«Такая стратегия используется очень многими вирусами, – рассказывает Северинов. – Они очень эффективно могут уничтожить все клетки вокруг. Но потом, конечно, непонятно, что им делать. Потому что если они уничтожили все клетки, то они сами потом тоже умрут».

Многие бактериофаги умеют поступать по-другому: они могут встраивать свою ДНК в геном хозяина и пребывать там в «молчащем» состоянии, позволяя клетке расти, делиться и передавать гены вируса своим потомкам. Такое состояние называется лизогенным. Как видно из названия, это означает, что

однажды бомба замедленного действия сработает, бактериофаг вернётся к литическому циклу и уничтожит бактерию.

Очевидно, что бактериофаг должен обладать молекулярной системой, контролирующей переход от одной стратегии жизни к другой. «Если бы вы были вирусом, то решение о том, пойти по литическому или лизогенному пути, имело бы смысл принимать в зависимости от физиологического состояния клетки, – объясняет слушателям Северинов. – Тот из вас, кто выберет неправильное решение, гарантированно вымрет». Лучшее решение для бактериофага – это размножаться литически, если вокруг него много быстрорастущих бактерий, хорошо обеспеченных пищей (а значит, его потомкам будет кого заражать), но пойти по лизогенному пути, если количество бактерий невелико и чувствуют они себя не вполне комфортно. С другой стороны, бактериофагу, находящемуся в лизогенной клетке (такого фага называют профагом, чтобы подчеркнуть его неактивное состояние), нужно уметь переходить к литическому размножению, если бактерии грозит скорая гибель, – в порядке бегства с тонущего корабля. Возможно, фаговым детишкам повезёт, и они встретят более удачливую бактерию.

Бактериофаг λ, паразит E. coli и классический объект вирусологических исследований – один из фагов, способных к литическому и лизогенному жизненному циклу. В его ДНК есть регуляторный участок, содержащий два промотора, направленных в разные стороны. Этот участок очень мал, и поместиться на нём может только одна молекула хозяйской РНК-полимеразы. Она пойдёт либо в одном, либо в другом направлении, и продукт первого же гена, который она прочитает, закрепит сделанный выбор: альтернативный промотор будет заблокирован, и вирусу придётся следовать выбранному пути, до тех пор пока условия внешней среды не заставят его пересмотреть своё решение.

Например, в случае лизогенного состояния считывается всего один ген, сI. Его продукт, λ-репрессор, связывается с ДНК альтернативного промотора и блокирует работу генов, необходимых для литического пути. Одновременно λ-репрессор стимулирует свой собственный синтез, пока его количество в клетке невелико, а после достижения определённой концентрации, наоборот, подавляет транскрипцию своего гена. Такая система авторегуляции позволяет поддерживать постоянную концентрацию репрессора. «Клетка может делиться миллионы раз, но лизогенное состояние совершенно стабильное. Ни один вирусный ген, кроме сI, не транскрибируется», – объясняет Северинов.

http://www.nanonewsnet.ru/files/users/u2999/2011/ris3_600.jpg
Рис. С регуляторным участком ДНК бактериофага может связаться только одна РНК-полимераза. Если она будет двигаться влево, бактериофаг перейдёт в лизогенное состояние, а если вправо – он приступит к литическому размножению. В обоих случаях продукт первого гена заблокирует альтернативный промотор, и следующая РНК-полимераза будет вынуждена двигаться в том же направлении.

Состояние перестанет быть стабильным, если заражённая профагом клетка окажется в очень неблагоприятной ситуации, например, получит высокую дозу радиации, и с высокой вероятностью должна будет погибнуть. «Когда клетке плохо, она начинает есть саму себя, переваривать свои собственные белки, – поясняет Северинов. – И увеличивается количество специальных ферментов, которые называются протеазами». Они расщепляют имеющиеся в клетке белки, и одной из первых жертв становится как раз λ-репрессор, белок, очень чувствительный к внутриклеточным протеазам. Теперь, когда регуляторный участок освобождён от молекул, поддерживающих лизогенный жизненный цикл, вирус сможет перейти к литическому пути. При этом продукт первого гена, который прочитает РНК-полимераза, двигающаяся вправо, – это белок Cro, который тоже связывается с регуляторным участком. Он запрещает транскрипцию гена λ-репрессора. Так принимается окончательное решение о переходе к литическому пути. За геном Cro расположены гены, кодирующие белки вируса. После накопления этих белков вирусное потомство выходит из обречённой клетки во внешнюю среду.

http://www.nanonewsnet.ru/articles/2011 … -resheniya

0

3

Многоклеточность: дополнительные трудности

Многоклеточный организм должен обладать ещё более совершенными механизмами регуляции транскрипции, чем одиночная клетка.

    * Во-первых, необходимо интерпретировать большое количество сигналов и отвечать на них изменением активности самых разных генов – так решается проблема создания сотен типов разных клеток на базе одинакового для всех генома.
    * Во-вторых, регуляция должна быть надёжной: ошибка в истолковании сигналов единственной клеткой может привести к проблемам для всего организма.
    * В-третьих, система должна быть гибкой, чтобы оставалась возможность изменений и перенастройки как в ходе индивидуального развития, так и в ходе эволюции.

На самом деле все фундаментальные принципы регуляции работы генов многоклеточные унаследовали от общего с E. coli предка:

клетка получает сигналы, переводит их на понятный для ДНК язык и повышает (или снижает) вероятность того, что конкретный ген будет прочитан РНК-полимеразой.

    «Любая клетка – это просто мешочек, очень маленький мешочек с концентрированным раствором макромолекул, которые могут друг с другом взаимодействовать», – говорит Северинов.

Гормон взаимодействует с рецептором, фермент – с субстратом, транскрипционный фактор – с ДНК, и всё это называется жизнью. Разница между клетками высших организмов и бактерий количественная: наши клетки крупнее и сложнее, и разнообразных репрессоров и активаторов транскрипции генов в них намного больше. У всех эукариотических организмов, даже одноклеточных, в регуляции транскрипции какого-либо гена задействовано так много факторов, что они физически неспособны все вместе вступить в прямой контакт с РНК-полимеразой и передать ей свои сигналы. Поэтому эукариоты обзавелись очень крупным белковым комплексом, который гордо называется Медиатором с большой буквы. Он одновременно взаимодействует со всеми факторами транскрипции, суммирует полученную от них информацию (нередко противоречивую), а затем привлекает РНК-полимеразу к тому или иному промотору.

Самый сложный период в жизни многоклеточного – это, разумеется, эмбриональное развитие, во время которого нужно быстро создать из единственной оплодотворённой яйцеклетки все необходимые будущему организму типы клеток, отличающихся друг от друга профилем экспрессии генов. Клетка определяет, кем она должна стать, благодаря химическим сигналам от соседних клеток. Её судьбой руководят сложные алгоритмы типа «если вещества А много, вещества В мало, а вещества С нет совсем, то я запускаю синтез белкового комплекса D». Судьба клетки не является её личным выбором – это неизбежное следствие её природы (генотипа) и обстоятельств, в которых она оказалась (градиентов концентрации различных веществ). Это обеспечивается за счёт регуляторных участков генов: если данная комбинация факторов A, B и C подразумевает производство белкового комплекса D, это означает, что регуляторные участки всех нужных для него генов будут восприимчивы именно к этой комбинации сигналов. Постепенное развёртывание этой программы во времени приводит к появлению полноценного организма, ведь D потом воздействует на что-то ещё, и так далее.

Система регуляции работы генов очень надёжна: мы все живы и здоровы только благодаря тому, что наши гены работают там и тогда, когда это нужно организму. Однако редкие нарушения этого процесса – изменения комбинаций транскрипционных факторов, задействованных во включении или выключении отдельных важных генов, – могут быть ответственны за то, что мы вообще есть.

    «В ходе эволюции, по-видимому, изменения активности генов в развитии, пускай даже очень небольшие, при сохранении общего набора генов могут приводить к удивительным эффектам, в частности видообразованию», – говорит Северинов. Именно это, видимо, произошло с нами и нашими ближайшими родственниками – шимпанзе.

http://www.nanonewsnet.ru/articles/2011 … -resheniya

0

4

Мои комментарии и личное мнение

На самом деле многие аспекты в этих механизмах ещё не открыты, их ещё только предстоит изучить. Хотя сам этот начавшийся процесс мне очень нравится. Наконец-то обратили внимание на процессы управления, а не просто смотрят что на что влияет...

Попробую изобразить штрихами положение дел в этой отрасли наших знаний, как оно мне видится.

Со школьных лет мы знаем, что в ДНК есть гены, которые кодируют белки. И что с участков ДНК, где расположены гены, считывается информация в виде информационных РНК (м-РНК) с которых, как с матрицы на рибосомах синтезируются уже белки. И это известно давно. Казалось бы, раз уже известно, то - чего ещё надо?

Но не всё так просто.
Например, такой вопрос: нить ДНК длинная (до 1 м длиной), и на одной нити могут находиться сотни и тысячи генов, так откуда клетка знает, какой именно ген ей нужно транслировать в данный момент? И вообще, как она определяет где ген, а где пустая ничего незначащая последовательность? Как вообще всё это происходит?

Как это происходит нам, слава Богу, уже известно. Открыто практически всё. Но, правда, и здесь не обошлось без курьёзов.
Цитата из Вики:
"РНК-полимераза была открыта независимо Сэмом Вайссом и Джерардом Хурвицем в 1960. Но к этому моменту Нобелевская премия по медицине в 1959 году уже была присуждена Северо Охоа и Артуру Корнбергу за открытие вещества, которое считали РНК-полимеразой, но которое впоследствии оказалось рибонуклеазой.

А также Нобелевская премия по химии в 2006 году была присуждена Роджеру Корнбергу за получение точных изображений молекул РНК-полимеразы в различные моменты процесса транскрипции."

Что такое РНК-полимераза?

Это такая довольно крупная молекула, которая ездит по ДНК и считывает с неё гены.
Молекула действительно крупная (даже по нашим меркам, а не только по клеточным).
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/98/RNAP_TEC_small.jpg/300px-RNAP_TEC_small.jpg
РНК-полимераза из клетки T. aquaticus в процессе репликации. Некоторые элементы фермента сделаны прозрачными, и цепи РНК и ДНК видны более отчётливо.

Она состоит из нескольких частей сложно сопряженных друг с другом.
Цитата из Вики:
"Полный голоэнзим таким образом состоит из 6 субъединиц: α2ββ'σω (~480 кДа). В структуре РНК-полимеразы присутствует канавка длиной 55 Å (5,5 нм) и шириной 25 Å (2,5 нм). Именно в эту канавку помещается двойная спираль ДНК, имеющая ширину 20 Å (2 нм). На длине канавки укладывается 16 нуклеотидов."

То есть, РНК-полимераза - это такая блямба, которая как вагонетка на цепь, насаживается на двойную нить ДНК и бежит по ней как по рельсам. При этом одновременно в зацеп входит 16 нуклеотидов.

Но как она распознаёт, где начинаются гены, и где они заканчиваются?

Где заканчиваются гены знают довольно хорошо. Это такие участки ДНК, которые называются "терминаторы".
Терминатор
Цитата из Вики:
"Терминатор — последовательность нуклеотидов ДНК, узнаваемая РНК-полимеразой как сигнал к прекращению синтеза молекулы РНК и диссоциации транскрипционного комплекса.
Часто эти последовательности заканчиваются цепочкой тиминовых нуклеотидов (у транскриптов - уридиновых), которой предшествует участок, содержащий внутренние, взаимно комплементарные последовательности в противоположных ориентациях ("шпилечные" структуры). "

Терминаторы настолько хорошо изучены, что даже искусственно созданные и принудительно помещенные в клетку они работают.

Труднее с моментом начала гена.

Во-первых, нужно решить вопрос, как РНК-полимераза связывается с ДНК (каким образом вагонетка садится на рельсы и происходит сцепка).

Цитата из Вики:
"Молекулы РНК-полимеразы не растворены в цитоплазме. Когда РНК-полимераза не используется, она связывается с неспецифичными областями ДНК в ожидании открытия активного промотора."

Но это сообщение довольно странное, так как известно, что РНК-полимераза всегда движется в одну сторону, и никогда - в другую, во всяком случае, она не бегает туда-сюда, как трамвай. А это значит, что раз присоединившись к ДНК, РНК-полимераза может либо, считав один ген, распасться, с тем, чтобы заново собраться в начале гена и повторять это считывание много раз, либо пройти дальше и считать ещё один или больше генов (что, как мне кажется, и происходит на самом деле). Но возможно, что происходит и так и так, тем более, что РНК-полимераза всё равно должна "отцепляться от рельсов" так или иначе, и сколько генов она успела считать за время своего пути - один или много - не так уж и важно.

Что такое промоторы?

Цитата из Вики:
"Промотор — последовательность нуклеотидов ДНК, узнаваемая РНК-полимеразой как стартовая площадка для начала специфической, или осмысленной, транскрипции. У прокариот промотор включает ряд мотивов, важных для узнавания его РНК-полимеразой, в частности так называемые последовательности -10 и -35. Промотор асимметричен, что позволяет РНК-полимеразе начать транскрипцию в правильном направлении и указывает то, какая из двух цепей ДНК будет служить матрицей для синтеза РНК."

То есть, промотор - это и есть участок ДНК, который сигнализирует РНК-полимеразе, что здесь начинается ген, и можно начинать его считывать.

Но тут-то нас и поджидают трудности.

Этих промоторов уже сейчас наоткрывали не одну сотню. Часто один и тот же ген (кодирующий один и тот же белок, но расположенный в разных участках ДНК) имеет разные промотеры. Понятно, что разные промотеры влияют на ЧАСТОТУ срабатывания РНК-полимеразы, но возможно, что на них влияют и другие факторы (читай, например, про то, как бактерии питаются молоком - в первом сообщении этой темы). То есть, разные промотеры нужны клетке для гибкого управления процессом считывания генов. Потому что в каких-то случаях некоторых белков нужно много, а в каких-то - мало, всё зависит от конкретной ситуации. А это значит, что именно ситуация каким-то образом способна повлиять на ВЕРОЯТНОСТЬ считывания того или иного гена с ДНК.

Знания этого пока нет. Все искусственно созданные промотеры будучи помещенными в клетку НЕ РАБОТАЮТ. То есть не просто плохо работают, или работают не так, а совсем не работают. Именно это и показывает нам уровень наших знаний. Гены выделять и пересаживать из одного организма в другой мы умеем. Даже менять их по своему желанию мы уже можем. А вот целенаправленно задавать УПРАВЛЕНИЕ экспрессией этих генов мы пока не умеем. Не знаем как это делать. Пока не знаем...

Но мне кажется, что это очень интересно.
И было бы здорово, если бы наука нашла ответы и на эти вопросы.

Отредактировано VPolevoj (11-02-2011 11:37:21)

0

5

Рибопереключатели

Учёные из Исследовательского института Скриппса (США) пролили новый свет на молекулярный механизм, который включает/выключает экспрессию генов в ответ на потребности клетки.

Каждый ген служит рецептом для построения белковой молекулы. Когда клетке нужен определённый белок, соответствующий ген в ДНК включается, то есть транскрибируется в информационную РНК, которая затем переносит инструкцию в клеточный цех по производству белков.

В течение многих лет учёные считали, что белки — единственные молекулы в клетках, приспособленные для выполнения сложных задач, в частности регулирования экспрессии генов или проведения химических реакций. Но в последние пару десятилетий выяснилось, что определённые типы РНК имеют большой опыт в совершении подвигов, достойных белка. Один из таких примеров — рибопереключатели.

Обнаруженные около восьми лет назад рибопереключатели — это короткие участки информационных РНК. Они связывают определенные метаболиты и (в зависимости от того, как проходит связывание) включают и выключают производство определённых белков.

До сих пор большинство генетиков считали, что один рибопереключатель специфичен лишь для одного метаболита. Новое исследование, проведённое под руководством Марты Федор, впервые показало, что они отвечают на сигналы нескольких метаболитов сразу.

Учёные заинтересовались функциями рибопереключателя, который связывается с метаболитом глюкозамин-6-фосфат. Этот аминосахар, строительный блок для многих гликозидов и гликанов, необходим для клеточной стенки и других жизненно важных структур в бактериальных клетках. Рибопереключатель обитает в РНК, которая переносит инструкцию по производству фермента GlmS, ответственного за выделение глюкозамин-6-фосфата. Известно, что, когда концентрация глюкозамин-6-фосфата велика, рибопереключатель останавливает производство фермента GlmS, уничтожая себя и свою РНК.

Г-жа Федор и её аспирант Питер Уотсон разработали метод измерения количества этого рибопереключателя в клетках по мере увеличения концентрации глюкозамина. И наткнулись на загадочный эффект. Если дрожжи выращивались в богатой энергией среде, содержащей глицерин (3-углеродный источник энергии), рибопереключатель вёл себя ожидаемо, то есть отключал GlmS-РНК. Если же бактерии выращивались в бульоне с глюкозой (6-углеродный источник энергии), рибопереключатель не прибегал к самоубийству.

Оказалось, что этот рибопереключатель может связывать не только глюкозамин-6-фосфат, но и глюкозо-6-фосфат.

Когда уровень глюкозы в клетке достигает высокой концентрации, это означает, что энергии достаточно. Когда клетке надо расти и делиться, ей нужен глюкозамин-6-фосфат, чтобы строить новую клеточную стенку. Таким образом, GlmS-рибопереключатель поддерживает баланс между этими двумя веществами и, возможно, другими конкурирующими сигналами. Подобный вид комплексной сигнализации всегда считался прерогативой белков.

Рибопереключатели пока не обнаружены в человеческом организме, но г-жа Федор считает, что это вопрос времени.

http://science.compulenta.ru/593682/?r1 … mp;r2=news

А это ссылка на статью в англоязычной Вики
http://en.wikipedia.org/wiki/Riboswitch

И картинки из неё.

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3a/RF00167.jpg/200px-RF00167.jpg
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fe/RF00174.jpg/180px-RF00174.jpg
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/13/Cyclic_di-GMP_riboswitch_secondary_structure.jpg/180px-Cyclic_di-GMP_riboswitch_secondary_structure.jpg
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8d/RF00050.jpg/156px-RF00050.jpg
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/GlmS_ribozyme_secondary_structure.jpg/180px-GlmS_ribozyme_secondary_structure.jpg
и т.д.

Похоже, что "Лёд тронулся, господа!"

0

6

Искусственные молекулы РНК избирательно блокируют экспрессию генов

http://elementy.ru/images/news/rna_trans-encoded_fig1_600.jpg

Систематические исследования прокариотических и эукариотических геномов выявили огромное разнообразие молекул малых РНК. Подавляющая часть этих молекул играет регуляторную роль в различных клеточных процессах. Группа ученых из Китая представила технологию создания искусственных молекул малых РНК, способных регулировать экспрессию бактериальных генов. Предложенная методология может быть использована как для исследовательских целей, так и для подавления экспрессии нежелательных бактериальных генов, например факторов вирулентности у патогенных бактерий.

За два последних десятилетия наше представление о функциях бактериальных малых РНК значительно расширилось благодаря огромному количеству работ, посвященных этим регуляторным элементам. Многие малые молекулы РНК комплементарно взаимодействуют с матричной (смысловой) РНК-мишенью (мРНК) и поэтому называются антисмысловыми РНК (асРНК). В результате такого взаимодействия образуется РНК-дуплекс — двухцепочечная форма РНК, что приводит к изменению эффективности синтеза белков с молекулы мРНК, а также отражается на ее стабильности в клетке (рис. 1). Считается, что такой механизм действия асРНК наиболее широко распространен у бактерий в природе, несмотря на то что существуют и другие.

Бактериальные асРНК представляют собой отдельный структурный класс молекул РНК длиной от 50 до 400 нуклеотидов. Они не содержат открытых рамок считывания для трансляции белков, поэтому такие молекулы называют еще некодирующими. Известно, что асРНК могут осуществлять как негативную (ингибирование), так и позитивную регуляцию (активацию). Ранее было показано, что они участвуют во многих клеточных процессах у бактерий, включая контроль качества биосинтеза белков, поддержание уровня железа в клетке, метаболизм сахаров, выживание бактериальной культуры в условиях стресса, а также регуляцию факторов вирулентности у патогенных бактерий.

Китайские ученые предприняли попытку создания эффективного РНК-ингибитора генов бактерий. Основываясь на общих структурных характеристиках природных бактериальных асРНК, они разработали принципы конструирования искусственных асРНК.

http://elementy.ru/images/news/rna_trans-encoded_fig4_600.gif

Искусственная молекула регуляторной асРНК должна иметь модульную структуру и включать следующие элементы: 1) область, комплементарная мРНК-мишени; 2) сайт связывания с белком Hfq; 3) Rho-независимый терминатор транскрипции. Первый структурный элемент должен быть комплементарен той части мРНК-мишени, которая содержит последовательность Шайна–Дальгарно — место посадки рибосом на мРНК для начала синтеза белковых молекул. Второй элемент обеспечивает присоединение белка Hfq, который защищает асРНК от расщепления рибонуклеазами и, соответственно, увеличивает эффективность ингибиторного действия. Третий элемент отвечает за терминацию транскрипции асРНК, благодаря чему в клетке синтезируются искусственные молекулы заданной длины. Для предотвращения нежелательной трансляции у искусственных асРНК должен отсутствовать стартовый кодон трансляции AUG.

Различные по размеру вариации комплементарного участка для выбранного гена синтезировались искусственно, а сайты связывания Hfq и терминаторы транскрипции были позаимствованы у нескольких хорошо известных природных асРНК. В результате случайной сборки всех трех структурных частей получался целый набор искусственных асРНК. Биоинформационный анализ пространственной структуры полученных образцов позволил предварительно отобрать из них наиболее перспективные. Эти асРНК вводились в бактериальные клетки при помощи специальных экспрессионных векторов (плазмидных ДНК), и оценивалась их эффективность в блокировании мРНК гена-мишени.

Для отработки условий получения искусственных асРНК и проверки эффективности их действия авторы использовали в качестве мишени EGFP-ген, удобный тем, что уровень его экспрессии можно оценить по интенсивности свечения кодируемого им зеленого флуоресцирующего белка. Кроме того, действие искусственных асРНК было проверено на одном из природных генов E. coli.

В итоге была отработана технология создания искусственных транс-кодируемых асРНК, которые ингибировали в несколько раз экспрессию бактериальных генов за счет комплементарного взаимодействия с мРНК-мишенью. При этом авторы отмечают, что ключевой стадией действия искусственных асРНК является уменьшение эффективности синтеза белковых молекул.

В ходе исследования выяснилось, что оптимальная длина искусственных асРНК не превышает 100 нуклеотидов. Анализ результатов показал, что для эффективного действия искусственных асРНК наиболее важны два их структурных элемента: область, комплементарная мРНК-мишени, и сайт связывания Hfq. Также эффективность действия искусственных асРНК зависит от их вторичной структуры и кинетики связывания (скорость и сила) с молекулами мРНК-мишенями. Очень важно, чтобы во вторичной структуре искусственных асРНК образовывалось несколько шпилек (stem-loop), в частности важен размер петель у шпилек.

http://elementy.ru/images/news/rna_trans-encoded_fig6_600.gif

Искусственные молекулы асРНК, полученные в ходе этого исследования, могут подавлять экспрессию генов-мишеней в 4–7 раз, но даже эта эффективность действия дает много преимуществ перед тривиальными методами воздействия на гены бактерий, такими как гомологичная рекомбинация или транспозоновый мутагенез. В частности, введение асРНК при помощи плазмидных векторов позволяет регулировать дозу асРНК в клетке. А использование принципа транс-кодируемых асРНК, в отличие от цис-кодируемых асРНК, позволило увеличить время жизни искусственных асРНК в клетке с 5 до 10 минут и более. Этого удалось добиться во многом благодаря защитному действию белка Hfq.

http://elementy.ru/news/431539

0

7

Научились включать гены при помощи света

Ученые Высшей политехнической школы Цюриха (Eidgenössische Technische Hochschule Zürich, ETH Zürich) сконструировали в человеческих клетках искусственный каскад сигналов, который может быть использован для регуляции активности генов с помощью синего света.

Последнее достижение лаборатории Мартина Фуссенеггера (Martin Fussenegger) – почти научная фантастика: профессор биотехнологии и биоинженерии и его группа построили генетическую сеть в живых клетках, которая может быть использована для включения и регуляции специфических генов с помощью синего света. Однако вместо того чтобы создавать совершенно новую сеть, биоинженеры просто соединили два уже имеющиеся в клетке естественные сигнальные пути – один из зрительной, а другой из иммунной системы. Клетки с такой функционирующей генной сетью вводятся под кожу, и имплантат освещается синим светом. Как утверждает первый автор опубликованной в журнале Science статьи Хайфан Е (Haifeng Ye), это позволяет ученым контролировать ген-мишень с чрезвычайной точностью.

«Генный световой выключатель», используемый учеными для включения сети, состоит из меланопсина (melanopsin) – белка сетчатки глаза человека, образующего комплекс с витамином А. При освещении этого комплекса синим светом активируется первый сигнальный каскад, обеспечивающий накопление внутри клетки кальция. Этот процесс естественно протекает в глазе и отвечает за каждодневную корректировку биологических часов в головном мозге. Однако ученые связали его с другим сигнальным путем, играющим ключевую роль в иммунорегуляции.

Внутриклеточный кальций активирует фермент, удаляющий фосфатную группу (P) белка NFAT-P. Лишенный фосфатной группы транскрипционный фактор NFAT (nuclear factor of activated T cells) попадает в ядро клетки, где он связывается с синтетической контролирующей последовательностью и включает введенный учеными ген-мишень. Ген активируется, и клетка начинает вырабатывать копии закодированного в нем белка, количество которых ученые могут контролировать, регулируя количество света и его интенсивность. Выключить ген так же просто: для этого достаточно выключить свет. Так как без стимуляции светом меланопсина кальций в клетке больше не накапливается, сигнальный каскад прерывается.

http://www.nanonewsnet.ru/files/users/u2981/3_52.jpg

Искусственный сигнальный каскад синтезирован в человеческих клетках, которые, будучи соответствующим образом упакованы, пересаживаются в организм мышей. Синий свет достигает клеточного имплантата через тончайший волоконно-оптический кабель. Если же имплантат пересажен непосредственно под кожу мыши, то для того, чтобы сигнальный каскад заработал, достаточно просто поместить животное под синюю лампу. В качестве источника света исследователи использовали коммерчески доступные светодиоды или лампы синего света, применяемые обычно для борьбы с зимней депрессией. Такой свет не повреждает кожу, так как не имеет ультрафиолетовой составляющей.

В своих экспериментах на клеточных культурах и мышах ученые протестировали индуцируемый светом синтез GLP-1 (glucagon-like peptide 1) – гормона, непосредственно контролирующего выработку инсулина и, таким образом, регулирующего уровень сахара в крови. Эти эксперименты показали ученым, что их подход работает: строго регулируемая светом продукция гормона GLP-1 помогает мышам с моделью диабета улучшить выработку инсулина, быстро удалять из крови глюкозу и восстанавливать баланс сахара в организме.

http://www.nanonewsnet.ru/news/2011/shv … hchi-sveta

0


Вы здесь » etology » Новости науки » Как это работает (управление считыванием генов с ДНК)